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つながり学習と発表準備

 今週は大津で最高気温が30℃に達するなど、ほぼ夏のように熱い1週間でした.

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 本研究室でも,写真のように半袖を着るメンバ―が増えてきています.

 

 1週間の始め,月曜日のゼミでは研究の進捗に加えプロポーザルを行い,M1は今週で全員がプロポーザルを終えた状態となりました.次からは院進をする4回生が発表,続いて就活の終わった4回生やM2の発表と続いていく事になります.

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 ゼミ終了後の研究室の様子.ゼミで教授方に指摘してもらった点の確認や復習,あとは学生内で何か報告があれば大抵このタイミングで行っています.

 

 ゼミで疲れた神経を癒すため,休憩にコーヒー等を淹れて飲んだりもします.

今年はコーヒーを飲む人が多いためか,去年と比べてすごい勢いでコーヒーが消費されています.あまりに消費が早いので,1ダースまとめて注文しました.去年は生協で買うので十分間に合っていたのですが…

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 さすがにコーヒーを発注したのは初めてだったので,休憩も兼ねて記念に並べてみました.いっぱいあるように見えますが,下手をするとこの量でも3,4ヶ月で消費するかもしれません.

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 もう暑いので,アイスコーヒーを準備しているところです.このとき作ったのは薄すぎてアレだったみたいですが…

 

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 コーヒーは火曜日に届いたのですが,玉川中学校の生徒たちが”つながり学習”と題して体験実習をしに来た日でもありました.この体験実習は何となく意味はわかるし問題なく出来るものでしたので,特にパソコンをいじる段階になると中学生らしく楽しそうにいじっていました.

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 DNAの立体構造を表記方法を変えてみたり,色を変えたり,角度を変えたりズームしたりといじくりまわしている様子です.続けてタンパク質の水素結合部位だけを別の表記法で強調表示するのを,GUIでなくCUI,コマンドを打ち込む形で行っています.打ち込むコマンド自体は配ったレジュメに全部書いてあるのですが,背景色を変えるコマンドをみて赤だの紫だのに変えてみたり,レジュメに指定されていない表記形式をさせてみたりと,中学生らしく柔軟性あふれる発想でした.

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 ただ打ち込むコマンドはレジュメに書いてあるとは言っても,何をやってるのかさっぱりなこともあって苦戦する生徒もおり,最後には手が足りなくなってしまい次回実験実習を担当する2人まで呼び出して手伝ってもらいました.とはいえタイプミスや読み間違いなど,実際大学生でも初めての情報系授業だとよくやらかして苦戦するので,彼らはとてもよく頑張っていたと思います.最終的に自分流の表記方法のDNAとタンパク質の立体構造を印刷してもらって,今回の実習は終わりとなりました.

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 またM1は6月の下旬に国際学会で発表してこれるのですが,英語力に不安を感じて音声翻訳アプリを試してみたりもしました.アプリが認識できるような発音でないときちんと訳してくれないとわかったので,やっぱり自力が重要なんだと思います.

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 毎週木曜日の昼はプレゼミを行っています.学生だけで,任意参加ですがここで最低限でも仕上げておくと,月曜のゼミで教授方からより重要な問題だけを指摘してもらえるので,結構大事です.ここは他の学生がどんな研究をしているのか理解を深める機会でもあり,ゼミよりは質問しやすい雰囲気の筈なので4回生も積極的に質問していってほしいと思っています.

 

再来週からはいよいよ4回生のプロポーザルが始まります.自分の研究について,なぜやるのか,何の役に立つのか,どうやって結果を得るのか,初めて深く考える機会です.我々M1も出来る限りはサポートしていくつもりなので,頑張っていきましょう.

(N.Y)

 

文武両道

今週は晴天が続き、研究室に閉じこもっていてはもったいない!!

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とにかく体を動かしたい!!

 

という要望が多くありましたので、

 

第一回伊藤研大バドミントン大会を開催しました。

 

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天気関係ないやん。という突込みはさておき、日頃の運動不足の解消です。

 

学校の体育館を貸し切ってみんなで大いに盛り上がりました。

 

もちろん次の日はみんな筋肉痛です。

 

また開催しますので文武両道な研究室を目指し、

 

頑張っていきましょう(個人的な目標)!

 

さて、少し真面目な話題です。

 

今週情報生物学研究室に西川建先生がいらして討論会が行われました。

 

 

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演者はM2の先輩で、研究についての様々な意見を頂きました。

 

西川建先生はタンパク質構造解析の開拓者の一人で、様々な切り口からのアドバイス

 

とても参考になります。

 

これからも二週に一回討論会は行われますのでたくさんのことを吸収して

 

今後の研究に励もうと思います。

 

これらのイベントを重ねてモチベーションの上がった我々の

 

サブゼミが木曜日に行われました。

 

 

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筋肉痛で体を引きずりながらではありますが

 

4回生も交えて各々の研究内容を確認し合い、

 

お互い質問し合います。

 

自分の経験談ですが、

 

学生間でのコミュニケーションや発表練習は

 

自信につながり、実際の発表で緊張せずに

 

しゃべることが出来るようになります。

 

この積み重ねはとても大切です。

 

f:id:jyouhou-seibutugaku:20170521225416j:plain線虫が新しく届きました。

 

この線虫たちの命に感謝して、

 

研究結果をきちんと発表できるように

 

これからもがんばっていきましょう。

(N.T)

 

GWとNGS

 5月といえばGWです。GWでリフレッシュして研究に取り組んでいます。特に院生は学会に多く参加するので熱心に研究しています。また、就職活動をしている人も研究と両立しています。今回は研究室の日常と私が行った実験について書きます。

 

 まず、研究室の日常についてです。GWなので卒業生が研究室にきてくれました。研究室での思い出などいろいろ話しました。研究室には卒業生がお土産をもってよく遊びにきてくれます。卒業してからも顔を出したくなるような研究室にしていけたらと思います。

 

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(先輩からのお土産)

 

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(先輩に買ってもらったお菓子)

 

 本研究室の大学院生は多くの学会に参加します。国内だけではなく国外の学会に参加する人もいます。

今参加が決まっている学会(International C.elegans Conference、国際ゲノム会議、日本糖質学会)について紹介します。

 

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(International C.elegans Conference)

 

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(国際ゲノム会議)

 

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(日本糖質学会)

 

 次に、私が今週行った実験について紹介します。次世代シーケンサー NGS(Next Generatio Sequencer)を用いた実験を行いました。NGSはRNAを定量的に解析するものです。RNAとは何でしょう?  RNAの働きについて説明します。DNA→RNA→タンパク質となり生体内ではタンパク質が機能しています。DNAは生命の設計図(タンパク質の設計図)といわれています。そのタンパク質をDNAから必要な場所・時間につくる手助けをするのがRNAです。

 

 ただRNAをNGSに入れるだけではうまく解析できません。NGSを使う前には、きれいなRNAが抽出出来ているか確かめる必要があります。そのときに使うのがBioanalyzerです。

 

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(Bioanalyzer)

 

 うまくRNA処理できていないとNGSが止まってしまうことがあるのでドキドキしながらスタートボタンを押しました。写真にあるようにRun completed withtout errorsと画面にあるように実験はエラー無く成功しました。RNAのデータが出たので、これからはデータ解析の解析をします。

 

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(次世代シーケンサー)

 

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(NGS終了の画面)

 

 今週もいろいろありましたが、終わりました。実験の結果が出たら、次はそれを学会で発表するためにポスターにまとめなければいけません。頑張ります。来週は、本研究室談話室で情報生物学討論会が行われるので、討論会などについてブログを書くと思います。

 

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 (情報生物学討論会)

 

(O.Y)

 

暖かくなってきましたが

 ここ最近、日中は随分と暖かくなってきましたが、夜はまだまだ寒くなる今日この頃、皆様いかがお過ごしでしょうか。本研究室では、この温度差に体調を崩した者も(教授方を含めて)何名かいるので、お気を付けてください。特にインフルエンザは先週生命科学部の実験科目を担当なさっておられる先生方に猛威を振るい、危うく休講になるところでした。

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 今週一週間、本研究室における最初のイベントとして、誕生日会が行われました。

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 このとき小島先生は先週インフルエンザでお休みになられており、病み上がりでマスクを付けられておられましたが、今はマスクもとられて無事回復なされたようです。

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 この誕生日会は4回生が初めて主催する誕生日会でしたが、無事問題なく進行しており、この調子で慣れていってほしいと思います。

 

 我々M1は研究予定のProposalを行い始めているので、B4の監督を行いつつ、お互いに文章を確認し合ったり、疑問点・おかしな点を指摘し合ったりしていました。

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 B4は各自研究を進めていました。就活が忙しい人が多いので、殆ど研究室に来れない人もいますが、来れる人たちは写真のように進めています。

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 就活が忙しい人は、まだ自分のテーマについて確認している段階ですが、去年の経験から考えると、間に合わないという事はないと思うので、まずは就活を頑張ってほしいと思います。

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 また、B4同士の横のつながりも出来上がってきたようです。B4同士でも、M1から教わったこと、自分で見つけたことなどを共有していくことは、今後の研究において役に立つことが多いので、この調子で行ってほしいです。

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なお、M2の方が本研究室のホームページをアップデートしました。以前のサイトより、各種情報が見やすく且つ充実したので、ぜひ見に行ってください。

(N.Y)

 

サイトURL: http://www.collabo.sk.ritsumei.ac.jp/~infobio/

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研究生活の始まり

今年の新四回生の研究テーマも決まり、

 

いよいよ本格的な研究生活がスタートしました。

 

月曜日には四回生にとっては初めての進捗報告が行われました。

 

不慣れながらも一生懸命発表していました。

 

発表の後は先輩と各々の反省点を振り返ります。

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伊藤研では発表の機会が多いので、四回生の人はこれからどんどん発表うまくなるから安心してください!

 

四回生は研究テーマも決まり、本格的な研究のスタートです。

 

ドライのメンバーはデータベースを使ったり

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このようにプログラムをガリガリ書いたり

 

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キャベツをガリガリ削ったりしながら(冗談)

 

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様々なテーマについて解析を行っています。

 

一方でウエットは線虫を使って研究を行います。

 

 下の写真は4回生が先輩にならって線虫の育て方を学んでいる様子です。

 

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線虫の培養にはエサづくりや培地作り、様々な実験器具の発注など多くの下準備が必要です。

 

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今回はdpy-1という遺伝子を欠損させた線虫を見せてもらいました。この遺伝子が欠損

すると、同時期の正常な線虫よりずんぐりむっくりした太く短い線虫になるそうです。

 

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就活と研究とで忙しい時期ですが一つずつみんなで成長していきましょう!(N.T)

 

いつもの大学生活

 2017年度がはじまり、研究室のメンバーは研究や就職活動を頑張っています。今回は、研究、講義、100円朝食などについていろいろ書きます。

 

 今週はの月曜日には今年度初のゼミがありました。先生から研究室の年間予定や、研究の進め方などについてお話がありました。4回生は、先輩からプロジェクターの使い方、いすの配置などゼミを行うための準備を教えてもらっていました。研究室のメンバーが新しくなり、去年と違う席に着くと変な違和感がありました。新しいメンバーでも、活発な議論ができるゼミにしたいと思います。

 

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 就職活動をしていているも研究を少しでも進められるように、出来るだけ研究室にきて研究を行っています。4回生は、試薬調製、顕微鏡を使い方、プログラムの書き方など基本的なことから学んで成長してきています。

 

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 私は、学部生の授業補助を行っているので、その風景を載せてみました。進化情報学という講義で、その日の内容は、地球に生命の誕生から進化していく過程についてでした。3回生配当科目なので、内容は専門的でした。どの授業も先生方は導入から分かりやすく教えてくれるので頭に入りやすいです。

 

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 大学の講義がある時期は、100円朝食があります。100円でカレー、野菜丼、ご飯とおかずと味噌汁のセットが食べられます。研究には体力が必要だとよく聞くので、朝食をしっかりとり研究を頑張りたいと思います。

 

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 来週の月曜日のゼミから進捗報告が再開されるので、準備をしています。4回生は、始めての進捗報告なので先輩に発表を見てもらっています。先輩は少しでも研究が進むように頑張っています。

 

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 2017年度が始まり、少し前までの春休みとは違う普段の大学生活にもなれてきました。去年は、あっという間に過ぎてしまったので今年は後悔のない一年に出来るように研究もそれ以外のことにも真剣に取り組みたいと思います。 (O.Y)

 

 

 

 

 

 

2017年度春季開講!

 今週1週間の始まりは、各種ガイダンスからでした。

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 先週日曜日に入学式を終え、立命館大学に入学するにあたってのガイダンスを受け終えた新入生達を勧誘する為に各サークルが盛大な勧誘活動を始めていました。そのため、一気に構内が騒がしくなり、活性化したように思います。

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f:id:jyouhou-seibutugaku:20170407162708j:plain また、本研究室も来週からゼミを開始するにあたって、我々M1の面々と教授方との面談が行われ、今後の研究についてお話を頂きました。

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 火曜日には共同研究先である滋賀大学の糸乗教授が、遺伝子の配列を解析するに当たって本研究室を訪ねてこられました。関連するテーマを研究するM1院生が、伊藤先生と共に糸乗教授や学部生の疑問点に答えていました。

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 また、研究室のプリンターが一台壊れてしまっていたので交換しました。伊藤先生が個研のプリンタ-を買い替えられ、これまで使われていたプリンターを研究室に移動させていただきました。

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 さらに、Essential細胞生物学を院生・学部生で輪読するので、その為の準備を4回生が主体となって行いました。輪読する範囲や順番などを決めていましたが、今後もこのような機会は結構あると思うので、さほど滞りもなく協力して決められていたのは良い調子だと思います。

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 もちろん息抜きも大事なので、就活等のついでに買って来てもらったお土産や、糸乗先生がお持ち下さったお菓子を休憩がてら食べたりもしました。とてもおいしかったです、ありがとうございました。

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 そして、前述したように来週からゼミが始まりますので、自身のテーマに関連する事について先輩に質問したり、先生と相談してテーマを変更したりと積極的に動いていました。今後もこの調子で頑張っていきましょう!

(N.Y)