アカボヤを用いた新規の構造解析の論文が受理されました
今週から後期の授業がはじまりました。大学内にまた賑やかさや、ランチストリート（私はこれが大事です！）が戻ってきたそんな9月の最終週。情報生物学研究室でもとてもおめでたいことがありました。
我々の研究室では、糖や脂質に関連する代謝および生命の初期発生に着目して研究を行っております。今回、糖と脂質が結合した糖脂質について尾索類のアカボヤを用いた新規の構造解析の論文が受理されました。以下が、その大まかな内容です。
小樽の商店より購入したアカボヤ（Halocynthia aurantium）（図１）５０個体を有機溶媒抽出にかけて脂質を抽出し、レシチンのような不要な脂質を分解除去し、いくつかのカラムクロマトグラフィーを組み合わせてセラミド型の脂質を分画しました。分画したセラミド型脂質に対して、質量分析機、ガスクロ分析、NMR分析などを駆使してその化学構造を決定し、今回、糖鎖末端にラムノースを有するグルクロン酸含有酸性糖脂質構造を新規構造（UGL-2）として発見しました（図２）。この研究を日本油化学会の国際誌であるJournal of oleo scienceに投稿し、このたび受理の知らせを受けました（図３）。
発見したUGL-2は、グルクロン酸が糖鎖の根元に存在し、そこに別の糖が伸長する構造であり、これまでに報告されている糖鎖末端にグルクロン酸が存在する糖脂質とは異なる特徴と言えるものです。また、UGL-2は糖鎖末端にラムノース（6-デオキシ-L-マンノース）が存在していました。ラムノースは植物の細胞壁の多糖および細菌の菌体外多糖として有名ですが、そのような単糖がアカボヤの酸性糖脂質を構成する糖として見られたことは興味深い知見です。アカボヤは尾索類といって発生の初期段階にのみ脊椎の前駆体である脊索を有する生物であり、その仲間にゲノム解読済みのカタユウレイボヤ（Ciona intestinalis）が存在します。ホヤ類は動物で唯一セルロース合成を行いますが、比較ゲノム解析の結果、その遺伝子は水平伝播で獲得したことが示されています。今回のアカボヤUGL-2ではラムノース転移酵素の働きで糖鎖構造が生成されていると考えられますが、そのラムノースの転移酵素も同様にして細菌から水平伝播した可能性が考えられました。
二枚貝から発見されたグルクロン酸含有糖脂質は貝の精子表面に存在することが示されており、ウニの精子の酸性糖脂質（ガングリオシド）は卵との結合に関与することが示されています。マウスの精子の酸性糖脂質（硫酸基含有グリセロ型脂質）は卵の透明帯の糖タンパク質に結合することが示されています。これらのことから、UGL-2も受精に関与することが考えられました。
セラミドにグルクロン酸が結合したセラミドグルクロニドは、マウスの結腸癌を抑制すること、経口投与するとその75％が結腸で分解されることが示されています。今回のUGL-2もグルクロン酸を持ったセラミド型脂質であることから、結腸癌に関する研究への応用が期待されます。
図１．解析対象として用いたアカボヤ（Halocynthia aurantium）
図２．アカボヤから発見した新規の酸性糖脂質UGL-2の構造
図３．論文がJournal of oleo sicence誌に受理されたことをしめす知らせ
年度末に向けて、情報生物学研究室がいいスタートを切れてうれしいです！！
2016年度 M1 テーマ紹介ポスターセッション 生命科学研究科 生命情報コース
昨日、大学院1回生のポスター発表が行われました。
伊藤研からは2名の大学院1回生が発表しました。
「O-GlcNAc修飾タンパク質データによるO-GlcNAc転移酵素のアミノ酸配列特異性解析」
「mRNA expression pattern analysis of fust-1,theFET family homologous gene,using RT-qPCR and NGS in Caenohabditis elegans」
今回はポスターを印刷するところから同行してみました。
そこで・・・私は衝撃の事実を知ることになりました。紙の大きさに「A0」というのがあるということを。初めて知りました。これって、一般的には皆さん知っていることなんですよね？A3とかA4とかはA0を何回折ったかと言う意味だったらしく・・・1人で「そうだったのかー」と感心していました。学生たちは苦笑していましたが。研究室での毎日は知らなかったこと、初めてのことが盛りだくさんな毎日です。
と、話は反れましたが。毎日頑張ったものがポスターという1つの形になっていくのを見ていると他人事ながら感動するものです。
当日はたくさんの先生方や他の研究室の学生たちに臆することなく、説明している彼らを見ていると、ただただ尊敬するばかりです。
皆さん見て下さい。右側。英語なんです。発表をした彼ともう1人の学生に教えてもらいながら英語を訳してみようとすると・・・私の英語力のなさに大笑いされました。普通の日本人はこんなものではないのか？と思いながらついさっき聞いた単語の意味をまた聞いてなかなか前に進みません。まあ、笑いが提供できたからよし！とします。
そして、学生に半ば呆れられながら英語の童話を読んで覚えてみればどうですか？と提案してもらいました。確かに子供向けの童話なら読みやすいし、ストーリーも知っているからニュアンスでもわかるし、なるほど、と感心しました。
そしてふと見てみると、伊藤先生が英語のポスターの前で普通に質問を・・・当たり前なのでしょうが、先生すごい！とせっかく尊敬しながらカメラを向けるとわざと、取りにくいようにするのです。せっかくすごい！と尊敬したのに。と、毎日がこんな調子の伊藤研ですがやることはやりつつ、毎日を楽しむことも忘れない、そんな毎日を送ることができればいいなと思います。
最後にもうひとつ、ポスター発表とは関係ないですが・・・パソコンの中身、はじめて見ました。パソコンって自分で修理できるんですね。
稀少疾患セミナー＆懇親会
先日第2回稀少疾患セミナーが開催されました。
前半は二人の外部講師の方に来ていただき、とても興味深いお話を聞かせていただきました
内容は「特発性腎性低尿酸血症と腎尿細管トランスポーター」
安西尚彦先生 （千葉大学大学院医学研究科）
「神経回路の接続特異性を決める発生プログラム」
桑子賢一郎先生（慶応義塾大学医学部）
休憩を挟んでポスターセッション。情報生物学研究室からも1名の学生が発表しました。出来上がったポスターの横で微笑む・・・私にもそんな日がくるのだろうか？とふと思ってしまいました。他の研究室の学生さんも思い思いの発表をしていて、勿論先生方や周りの方の力を借りながらであるにせよ・・・自分の力で1つのものを期限までに作り上げることができることにただただ感心するばかりです。
大変意義のあるセミナーが終わったあとは・・・勿論懇親会です。宴会部長の伊藤先生を助けるべくがんばりましたよ！会場予約に会費回収。座席のくじ引きに至るまで。手伝ってくれた伊藤研B4の皆さん。本当に助かりました。ありがとう。
お酒と食事をいただきながら、雑談もしつつ研究の話もしつつ・・・学生さんたちも最初は少し緊張しながらですが、授業の時などとは違い、色々な先生と身近で話す機会が持てることはとても大切なことのように思います。
次のセミナーに向けてまた動き始めることを約束して・・皆様それまでそれぞれにがなりましょうと約束して、会はお開きとなりまいた。
私・・・とある先生に学食で挨拶していただいたのに、気付かなかったそうで。無視したのではなく、本当に気付かなかっただけです。最近思うこと・・・いろいろな意味でもう少し広い視野を持たないとと。先生方や学生さんたちを見習って私も頑張らないとと思う今日このごろです。
立命館大学 生命科学部 生命情報学科 体験実習
先日、生命情報学科の体験実習が行われました。
たくさんの中学生と保護者の方々、並びに先生方に来ていただきとても嬉しく思います。
内容は３つ。１「生命のゲノムを見てみようーゲノムの基本となるDNA配列を視覚的に
体験しようー」
２「植物からゲノムをとってみようー普段食べている野菜や果物からゲノ
ムを抽出して観察しようー」
３「最先端機器の見学」
今回私は広報活動のため、２の写真撮影をしながら見学をさせてもらいました。
その内容をお伝えしたいと思います。
（バナナからDNAを観察しよう）
1. バナナのDNAの抽出液を作ります
2. バナナをつぶします
3. DNAを抽出します
4. エタノールでDNAを見えるようにします
数分放置しておくと、白いもやもやとしたものが浮き上がってきます。
これがDNAです。
「DNAを抽出する」
この言葉だけを聞くととても難しいことのように思えます。しかしこの実験は身の回りにあるもので行うことができます。
確かに生命科学というととても難しいことのように思えますし、実際に生物や植物の仕組みはとても複雑なものです。しかしこのような身近なところから興味を持ってくれる子供たちが増えてくれればいいなと思います。
生命情報学科ではこれからもこのような活動を通して多くの方に、この分野で活躍することの楽しさや喜びを伝えていくことができたらと思っています。
伊藤研の夏休み行事
お盆が過ぎてもまだまだ暑い日が続きます。伊藤研ではこの夏２つのイベントがありました。
8月10日 18時～ 前期打ち上げ
この日は前期最後の進捗報告をしました。就職活動の関係でプロポーサルがまだの人もいたので朝10時に開始です。さてさて18時に間に合うのか？しかし前期のみんなの成果を発表する場です。もちろん手を抜くわけにはいきません。院生たちの発表はやはり内容が濃く、先生方が追求するレベルも高く、プレゼンの仕方にもどこか余裕と自信があり、人前に立つだけでどきどきしていまう私としては若いのにすごいな～と尊敬するばかりです。学生のうちにこのような能力がきちんと身に付いていることは、社会にでたら本当に役立つなと痛感しています。
昼休憩この日は皆で食堂に行きました。
昼休憩も終わり、さて続きを、と思いきや・・・伊藤先生会議です・・・。ご苦労様です。とりあえず会議が終わるまで待機です。お店の予約の都合上、一旦この日は途中で切り上げ。続きは後日となりました。残りの人の発表は19日です。私も・・・どきどきの延長は何だか複雑な気分になりました。
いろいろありましたが、とにかく打ち上げです。
日本酒が大好きな伊藤先生と、某生徒！私も好きなのですが、次の日に堪えるので、焼酎にしておきます。
ジョッキ？いえピッチャーです！！かれが持つとジョッキに見えてしまうのは私だけでしょうか？
皆様、夏休みあけも頑張りましょう！
8月19日 10時～ ゼミ（続き)
さて、今日はバーベキュー予定の伊藤研！！しかし、前期の締めの進捗報告が残っています。10時集合で頑張ります。一生懸命頑張った後のお肉は絶対においしいはずです。頭をフル回転させてがんばります。ちなみに私は相変わらず人前で話すことにドキドキする日々です。これも慣れだと言い聞かせ、いつか緊張せずに発表できればいいなと学生たちから遅れること十数年、今からっだって遅くない！と自分に言い聞かせています。14時すぎ。全ての報告が無事に終了しました。課題は山済みではあるものの、何とか自分の発表もできたので、とりあえずはお肉食べます。
買出しや、準備も終わり17時・・・お肉美味しい。焼いてはなくなり焼いてはなくなり・・・そして、野菜よりも明らかに早いペースでお肉がどんどん減っていきます。
開始直後にお肉が焼けるのが待ちきれず、なぜか鰹のたたきを食べている人もいましたが・・・買出し当番に便乗して、スーパーでコロッケを買ってしまった私は何も言えません。運転したし許して下さいということで。
少し遅めに始まった、バーベキュー。しかし結果的には琵琶湖の風が気持ちよく、日が沈むところと琵琶湖の対岸の夜景も見れて、とても快適なバーベキューとなりました。うーん。朝思ったとおり、待ちに待ったお肉はおいしかったです。
最後に会議等、お忙しくて残念ながら参加できなかった伊藤先生、次は行きましょうね。炭を砕いたり、火熾しを手伝っていただいたり、片付けの時には、車のライトを付けてくださったり、学生たちと一緒になって動いていただいた小島先生。本当にありがとうございました。
どうでもいい情報ですが、次の日私は昼にバーベキューをして、夜にラーメンを食べに行き、花火もしました。
後期、ここから中間発表や学会などやるべきことが目白押し！ですが、伊藤研は頼れる先生方とみんなで乗り越えて行きたいと思っています。私もがんばらねば。とりあえず、息子の自由研究です。
情報生物学研究室 ドライ班
情報生物学研究室にはドライ班とウエット班があります。
私もそうでしたが、一般的に研究室というとこういうイメージが浮かびませんか？
私も含めウエット班はご想像通りの毎日を送っているわけですが・・・
今日はドライ班の日常を書いてみたいと思います。ドライ班はパソコンを使って解析をしたり、プログラムを書いたりしています。
この内容を聞いて、思い出す職業はありませんか？そうです。SE(システムエンジニア）です。実際研究室の卒業生にもそのような道に進む人はたくさんいます。昨年の卒業生でSEになった人に仕事の内容を聞いてみると・・・
プログラムを組むだけではなく、あ客様のニーズに合ったものを作り上げていくため、プレゼンをしたりディスカッションをしたり、そのような能力があるのかも問われるそうです。情報生物学研究室では卒論や修論の発表に向けてはもちろん、学会や他大学との合同発表などこのような能力を磨くたくさんの機会があります。また、長い時間を1つのコミュニティーで過ごすことで、円滑な対人関係の進め方や何かがあった時の問題解決能力やコミュニケーション能力などを身に付けることができます。
現代では、さまざまな研究が世界中で行われており、その膨大な実験結果を使ってシュミレーションをコンピュータ上で行うことがより早く研究を進めることにつながります。多くの人は研究というとウェット班が行っていることを想像すると思いますが、ドライ班のような研究も盛んに行われています。今回はそのことを知ってもらえたら嬉しく思います。
学会に行くお話し
情報生物学研究室では大学院生を中心に学会でポスター発表をする機会があります。
国内はもちろん海外の学会に出席することもあります。
2016年線虫神経私物国際集会・名古屋大学神経回路国際シンポジウム合同集会。
今この学会に行っている学生がいるのですが・・・広報用に写真送ってねというと3枚の写真が送られてきました。
1枚目は何となくわかります。でも・・・2枚目・3枚目がナゾすぎます。でもせっかく送ってくれたので感謝して使用させていただきます。が、これでは彼が何をしに名古屋まで行ったのか伝わりにくいと思いますので、ポスターの写真送ってと言うと
ちゃんとあるではありませんか！！今回の学会は国内で開催されたのですが、日本で開催されるからといって、必ずしも日本語でよいわけではなく、英語での発表が義務付けられている場合も多々あります。
先日英語が得意な留学生と共に英語でのポスター作りに励む彼の姿がありました。このように協力できるところは協力して、個人で頑張るべきところは頑張って、そしてその両方が合わさって結果に繋がっていく。
学会に行くということは、学生たちにとって単に研究発表をする場所というだけでなく、社会に出た時にとても役立つ経験になると思いますし、1人の学生が学会に行くために先生方や仲間のたくさんのサポートが必要だと理解することはとても大切なことだと思います。
日本分子生物学会。情報生物学研究室では毎年数名がこの学会でポスター発表をします。アブスト（要旨）提出締切まであと少し。
