GWとNGS
５月といえばGWです。GWでリフレッシュして研究に取り組んでいます。特に院生は学会に多く参加するので熱心に研究しています。また、就職活動をしている人も研究と両立しています。今回は研究室の日常と私が行った実験について書きます。
まず、研究室の日常についてです。GWなので卒業生が研究室にきてくれました。研究室での思い出などいろいろ話しました。研究室には卒業生がお土産をもってよく遊びにきてくれます。卒業してからも顔を出したくなるような研究室にしていけたらと思います。
(先輩からのお土産)
(先輩に買ってもらったお菓子)
本研究室の大学院生は多くの学会に参加します。国内だけではなく国外の学会に参加する人もいます。
今参加が決まっている学会(International C.elegans Conference、国際ゲノム会議、日本糖質学会)について紹介します。
(International C.elegans Conference)
(国際ゲノム会議)
(日本糖質学会)
次に、私が今週行った実験について紹介します。次世代シーケンサー NGS(Next Generatio Sequencer)を用いた実験を行いました。NGSはRNAを定量的に解析するものです。RNAとは何でしょう? RNAの働きについて説明します。DNA→RNA→タンパク質となり生体内ではタンパク質が機能しています。DNAは生命の設計図(タンパク質の設計図)といわれています。そのタンパク質をDNAから必要な場所・時間につくる手助けをするのがRNAです。
ただRNAをNGSに入れるだけではうまく解析できません。NGSを使う前には、きれいなRNAが抽出出来ているか確かめる必要があります。そのときに使うのがBioanalyzerです。
(Bioanalyzer)
うまくRNA処理できていないとNGSが止まってしまうことがあるのでドキドキしながらスタートボタンを押しました。写真にあるようにRun completed withtout errorsと画面にあるように実験はエラー無く成功しました。RNAのデータが出たので、これからはデータ解析の解析をします。
(次世代シーケンサー)
(NGS終了の画面)
今週もいろいろありましたが、終わりました。実験の結果が出たら、次はそれを学会で発表するためにポスターにまとめなければいけません。頑張ります。来週は、本研究室談話室で情報生物学討論会が行われるので、討論会などについてブログを書くと思います。
(情報生物学討論会)
(O.Y)
暖かくなってきましたが
ここ最近、日中は随分と暖かくなってきましたが、夜はまだまだ寒くなる今日この頃、皆様いかがお過ごしでしょうか。本研究室では、この温度差に体調を崩した者も（教授方を含めて）何名かいるので、お気を付けてください。特にインフルエンザは先週生命科学部の実験科目を担当なさっておられる先生方に猛威を振るい、危うく休講になるところでした。
今週一週間、本研究室における最初のイベントとして、誕生日会が行われました。
このとき小島先生は先週インフルエンザでお休みになられており、病み上がりでマスクを付けられておられましたが、今はマスクもとられて無事回復なされたようです。
この誕生日会は4回生が初めて主催する誕生日会でしたが、無事問題なく進行しており、この調子で慣れていってほしいと思います。
我々M1は研究予定のProposalを行い始めているので、B4の監督を行いつつ、お互いに文章を確認し合ったり、疑問点・おかしな点を指摘し合ったりしていました。
B4は各自研究を進めていました。就活が忙しい人が多いので、殆ど研究室に来れない人もいますが、来れる人たちは写真のように進めています。
就活が忙しい人は、まだ自分のテーマについて確認している段階ですが、去年の経験から考えると、間に合わないという事はないと思うので、まずは就活を頑張ってほしいと思います。
また、B4同士の横のつながりも出来上がってきたようです。B4同士でも、M1から教わったこと、自分で見つけたことなどを共有していくことは、今後の研究において役に立つことが多いので、この調子で行ってほしいです。
なお、M2の方が本研究室のホームページをアップデートしました。以前のサイトより、各種情報が見やすく且つ充実したので、ぜひ見に行ってください。
（N.Y）
サイトURL: http://www.collabo.sk.ritsumei.ac.jp/~infobio/
研究生活の始まり
今年の新四回生の研究テーマも決まり、
いよいよ本格的な研究生活がスタートしました。
月曜日には四回生にとっては初めての進捗報告が行われました。
不慣れながらも一生懸命発表していました。
発表の後は先輩と各々の反省点を振り返ります。
伊藤研では発表の機会が多いので、四回生の人はこれからどんどん発表うまくなるから安心してください！
四回生は研究テーマも決まり、本格的な研究のスタートです。
ドライのメンバーはデータベースを使ったり
このようにプログラムをガリガリ書いたり
キャベツをガリガリ削ったりしながら（冗談）
様々なテーマについて解析を行っています。
一方でウエットは線虫を使って研究を行います。
下の写真は4回生が先輩にならって線虫の育て方を学んでいる様子です。
線虫の培養にはエサづくりや培地作り、様々な実験器具の発注など多くの下準備が必要です。
今回はdpy-1という遺伝子を欠損させた線虫を見せてもらいました。この遺伝子が欠損
すると、同時期の正常な線虫よりずんぐりむっくりした太く短い線虫になるそうです。
就活と研究とで忙しい時期ですが一つずつみんなで成長していきましょう！(N.T)
いつもの大学生活
2017年度がはじまり、研究室のメンバーは研究や就職活動を頑張っています。今回は、研究、講義、100円朝食などについていろいろ書きます。
今週はの月曜日には今年度初のゼミがありました。先生から研究室の年間予定や、研究の進め方などについてお話がありました。4回生は、先輩からプロジェクターの使い方、いすの配置などゼミを行うための準備を教えてもらっていました。研究室のメンバーが新しくなり、去年と違う席に着くと変な違和感がありました。新しいメンバーでも、活発な議論ができるゼミにしたいと思います。
就職活動をしていているも研究を少しでも進められるように、出来るだけ研究室にきて研究を行っています。4回生は、試薬調製、顕微鏡を使い方、プログラムの書き方など基本的なことから学んで成長してきています。
私は、学部生の授業補助を行っているので、その風景を載せてみました。進化情報学という講義で、その日の内容は、地球に生命の誕生から進化していく過程についてでした。3回生配当科目なので、内容は専門的でした。どの授業も先生方は導入から分かりやすく教えてくれるので頭に入りやすいです。
大学の講義がある時期は、100円朝食があります。100円でカレー、野菜丼、ご飯とおかずと味噌汁のセットが食べられます。研究には体力が必要だとよく聞くので、朝食をしっかりとり研究を頑張りたいと思います。
来週の月曜日のゼミから進捗報告が再開されるので、準備をしています。4回生は、始めての進捗報告なので先輩に発表を見てもらっています。先輩は少しでも研究が進むように頑張っています。
2017年度が始まり、少し前までの春休みとは違う普段の大学生活にもなれてきました。去年は、あっという間に過ぎてしまったので今年は後悔のない一年に出来るように研究もそれ以外のことにも真剣に取り組みたいと思います。 (O.Y)
2017年度春季開講！
今週1週間の始まりは、各種ガイダンスからでした。
先週日曜日に入学式を終え、立命館大学に入学するにあたってのガイダンスを受け終えた新入生達を勧誘する為に各サークルが盛大な勧誘活動を始めていました。そのため、一気に構内が騒がしくなり、活性化したように思います。
また、本研究室も来週からゼミを開始するにあたって、我々M1の面々と教授方との面談が行われ、今後の研究についてお話を頂きました。
火曜日には共同研究先である滋賀大学の糸乗教授が、遺伝子の配列を解析するに当たって本研究室を訪ねてこられました。関連するテーマを研究するM1院生が、伊藤先生と共に糸乗教授や学部生の疑問点に答えていました。
また、研究室のプリンターが一台壊れてしまっていたので交換しました。伊藤先生が個研のプリンタ－を買い替えられ、これまで使われていたプリンターを研究室に移動させていただきました。
さらに、Essential細胞生物学を院生・学部生で輪読するので、その為の準備を4回生が主体となって行いました。輪読する範囲や順番などを決めていましたが、今後もこのような機会は結構あると思うので、さほど滞りもなく協力して決められていたのは良い調子だと思います。
もちろん息抜きも大事なので、就活等のついでに買って来てもらったお土産や、糸乗先生がお持ち下さったお菓子を休憩がてら食べたりもしました。とてもおいしかったです、ありがとうございました。
そして、前述したように来週からゼミが始まりますので、自身のテーマに関連する事について先輩に質問したり、先生と相談してテーマを変更したりと積極的に動いていました。今後もこの調子で頑張っていきましょう！
(N.Y)
新しい一年
卒業式を終えて、卒業生が研究室から社会へと旅立っていきました。
一年間苦楽を共にした仲間との別れはやはり寂しいものです。
伊藤研は新4回生を迎え、新たなメンバーで今年も元気に研究に励んでいます。
新M1は初めての国際学会に行くチャンスを頂き、英語での要旨作成を先生方や周りの
人と相談しながら行いました。
また、今週はホモゲナイザーという機械の説明会がありました。
ホモゲナイザーとは液体に高圧力をかけることで液体中の粒子を小さく均一にする機械です。
他の研究室の人たちと一緒に説明を聞きました。
今週私は生命工学科の教授に研究のアドバイスを頂きました。
このような他の研究室との密な連携も自分の研究を進めるうえで非常に参考になります。
私たちはそれぞれ一つのテーマを研究していますが、他の研究を見たときに自分の研究
とのつながりが見えることがあります。
その多数のつながりによって今自分の体が動いていると考えると、とても面白く思います。
この一年、苦しいこともあると思いますが、研究室の仲間がいます。
今年も新たなメンバーで一年間精一杯頑張っていきましょう！！！（N.T）
3月といえば...
3月といえば卒業の季節です。今週3/22(水)に学位授与式がありました。大学には卒業生やその両親など多くの人が来て大学に人が沢山いました。まず、BKCジムで、生命科学部と薬学部の全体式が行われました。
(学位授与式の全体式)
全体式の後は、各学科・コースに分かれ学位授与式が行われました。生命科学研究科長、各学科・コース長からの祝辞の後、教員から一人ひとりに卒業証書が渡されました。卒業証書が一人ひとりに渡され、卒業したという実感がわいてきました。また、父母教育後援会表彰、修士論文優秀賞表彰が行われ、本研究室から各1名が選ばれました。一年間一緒に頑張った同じ研究室の一員としてとても嬉しいです。
(卒業証明書の授与) (父母教育後援会表彰)
卒業式の後には、研究室で卒業パーティーを行いました。新4回生が用意してくれたサンドイッチやお菓子を食べて、楽しく時間を過ごすことが出来ました。新4回生から卒研生、新M2から修了生へとプレゼントが渡されました。新4回生ありがとうございます。
(卒業パーティー)
卒業生・修了生から先生方にプレゼントを渡しました。先生方にも喜んでいただけました。一年間ありがとうございました。
(先生へのプレゼント渡し)
2016年度もいろいろありましたが、学位授与式が終わり今年度が終わったという実感がやっとわいてきました。今年度もこれで一区切りなので、来年度へ向け研究室全体で頑張っていきたいと思います。研究室のみなさんお疲れ様でした。
とういうことで、来年度へ向け実験の準備をしていきたいと思います。本研究室では、モデル生物である線虫を扱っています。線虫は冷凍保存が可能なので、各研究室ごとに入手した線虫は冷凍保存してあります。実験に使うため冷凍保存していた線虫を起こしました。ちなみに、線虫は半永久的に冷凍保存が可能だそうです。
中央にエサをまいた寒天培地に冷凍保存してあった線虫をまくと、エサの方向へ移動していきます。一匹の線虫を新しい寒天培地に移すと数日たつと...
(線虫をまいた寒天培地) (エサへ向かって移動する線虫)
数日後には、寒天培地いっぱいの線虫が生まれます。
(増えた線虫)
今週も終わりました。4月に入るとゼミが再開されます。年度始めのゼミでは、年間の研究計画を発表するプロポーザルや教科書の輪読などが予定されているので、ブログでも書きたいと思います。見て下さい。 (O.Y)
