ISMB conference (Bulletin 5)

Intelligent Systems for Molecular Biology (ISMB) is the annual international conference held by International Society for Computational Biology (ISCB). It accommodates researcher in developing bioinformatics and computational biology fields to solve molecular biology problems. This year, the conference takes place in Chicago, USA, and we (five people from information biology laboratory under Prof. Masahiro Ito) have an opportunity to participate and present our research progress to the community. It was a wonderful experience for us. Since ISMB have plentiful interrelated tracks to follow, including machine learning, structural biology, ontologies, microbiome, data visualizations, network biology, computational mass spectrometry, regulatory and systems genomics, evolution and comparative genomics, computational modelling, function annotation, medical informatics, integrative RNA and many more, thus we could have a discussion and new knowledge from many viewpoints.

Personally, I think ISMB was a well-organized conference. There were many programs that have been provided by the committee. Before the main conference schedule, there were a student council symposium and workshop which is a part of the ISCB program. The main conference itself, ISMB, was held in four days from 6 to 10 of July. Besides the oral, poster, and keynote presentation, there were also a career fair and art and science exhibition at the conference. I really enjoyed the conference besides the tight schedule of the session of the conference. Since ISCB has developed an app which provides any information related to the conference, we could easily check the schedule and the abstract of the presenters. Moreover, we also could check the slides of the presenters in case we miss the presentation.

In this conference, I presented a poster presentation about the evolutionary dynamics of intrinsically disordered Cip/Kip proteins. Intrinsically disordered proteins (IDPs) are a unique protein. They are characterized by low sequence complexity of amino acid compositional bias, and the high proportion of particular charged and polar amino acids. Those characteristics have made IDPs conformation to be flexible, unable to fold spontaneously into three-dimensional structures. The study on IDPs evolution has been seizing a lot of concern, especially on their amino acid rates of substitution compared to ordered proteins. A vast majority of literature has explained that, generally, the IDPs evolve more rapidly than the ordered proteins. Cip/Kip proteins themselves are IDPs that can accommodate multiple biological roles. Since they are multifunction proteins that have a tendency to evolve rapidly over time, the study on this topic maybe could provide important information about genome evolution in general. On the other hand, one main keynote speaker presentation in ISMB was focus on the IDPs. It was a great pleasure for me, since I could follow the current issues of IDPs study.(MF)

明日から夏休みです

夏の風物詩といえば何を思い浮かべますか？

蝉、風鈴、かき氷と様々ありますが、私は花火です。

今年も滋賀県ではで7月から各地で花火大会が開催されています。

最近では、8/7に大津市で2018びわ湖大花火大会が開催されました。

今年は「虹色の旅へ。滋賀・びわ湖」をテーマに、約1万発の花火が大津港沖から打ち上げられました。びわ湖の湖面に映る花火もとても綺麗で、約35万人の人々がびわ湖の花火に魅了されていました。

伊藤研究室のメンバーも花火を観に大津まで足を運んでいました。

8/17は建部大社船幸祭があります。建部大社から担がれた大神輿、子供神輿を御座船に乗せ、約20隻の警固船に守られながら瀬田川を下ります。御輿船が帰還する頃から、瀬田の唐橋周辺で約1000発の花火が打ち上げられます。唐橋から観る花火もお勧めです。

8/2、6の大進捗も終え、明日から伊藤研究室はしばらく夏休みです。

今日は夏休み前ということで、休憩室をみんなで掃除しました。

定期的に掃除はしていますが、いざ机や椅子、冷蔵庫を移動して大掃除してみるとあちこち汚れていました。

みんなで手分けして掃除機や拭き掃除をしたので休憩室はとてもきれいになりました。きれいになると気持ちがスッキリします。

掃除をしているとふと5Sという言葉が頭に浮かびました。

5Sとは整理・整頓・清掃・清潔・躾の頭文字をとったものです。

掃除や片付けで環境をきれいにする美化活動ではなく、職場が抱える課題を解決するための改善活動です。

職種にもよりますが、知っておくことは良いことだと思います。

会社が取組んでいることだからするのではなく、普段から心がけることで、自分のステップアップにも繋がります。

この先、会社という組織の中で仕事をする人が殆どですが、自分らしさが発揮できる環境で働けたらいいですね。

 前期も終わり9月26日から後期がスタートします。

今年の夏休みが学生生活最後の夏休みの人もいます。伊藤研究室のみなさん、楽しく充実した夏休みを過ごしましょう！

そしてまだまだ暑い日が続くので、体調管理には引き続き気をつけましょう。

シカゴ！！！！(4)

　今回のブログでもシカゴで行われた国際学会（26th Intelligent System for Molecular Biology）についてお話します。今回は初海外かつ初学会である私の主観を書かせていただきます。

　この26th Intelligent System for Molecular Biology（ISMB）はInternational Society for Computational Biorogy(ISCB)という国際的な非営利団体が主催した学会です。このISCBは計算を用いて生命システムへの理解を深める事を使命として掲げている団体です。私達の所属している生命情報学コースの様々な研究室と理念が近いですね。というわけで、私達も参加する運びとなりました。

　まずは参加するために飛行機で移動を行いました。初めに伊丹から成田に向かい、次に成田からシカゴのオヘア空港に向かいました。飛行機に乗る事が7年ぶりで内心興奮しており、気づいたらすぐにシカゴに着きました。嘘です。14時間程乗っていたので途中で飽きていました。その後電車等を駆使してホテルに向かいました。先輩は疲労のあまり魂が抜けていました。

　学会では様々な研究発表の公演がされており、ポスターが所狭しと掲示されていました。印象として、昨今話題の機械学習を用いた様々な解析ソフトの作成や生命現象に関わるデータベース作成の実例・更新といった内容が多く見られました。

　そしてついに、ポスター発表を行いました。初めての発表で非常に緊張していました。「世界的権威が来たらどうしよう」「内容が頭から飛んだらどうしよう」そんなことばかり考えていました。しかし、聴衆はやってきません。私はとある作戦を思いつきました。ギブアンドテイク作戦です。私と同じ様に暇を持て余した発表者に声をかけ、発表を聞き、その後私のポスターまできていただくというものです。ちょっとは分かる内容が良いなと考えて探し回った所、私の元同期や現後輩が行っているテーマが絡んでいるポスター発表を行っている美人さんを見つけました。「キャンユーテルミーユアリサーチ？」めちゃくちゃな英語で伺ったところ、快諾してくださりました。その方のポスターや説明は非常にわかりやすかったです。質疑も行い、いよいよ作戦決行です。「アイウォントショウマイリサーチフォーユー。アーユーオーケー？」私がまためちゃくちゃな英語で聞くと、彼女は笑顔で「OK！」と快諾してくれました。原稿を覚えただけのめちゃくちゃな発表をしてしまいましたが、彼女は「Very interesting! Your English is very good!」と言って下さりました。

　学会期間はあっという間に過ぎ去り、帰りの飛行機では見逃した映画を鑑賞して帰国しました。

　私は今回の学会で2つの事を学びました。1つ目は様々なバイオインフォマティクスツールの仕組みや、2つ目は自分から声をかける積極性です。12月の頭には後輩たちも学会に参加するそうですので、今回学んだことを後輩たちに伝えられるように頑張ります。（S.K）

毎日暑い!!

今年は梅雨明けも早く猛暑日が続いています。

毎日朝から「暑い！」という言葉を何回発しているのかわかりません。草津市では7/8以降今日まで毎日30℃を越えています。

学内を移動するだけでも暑くて汗が止まりません。

気温の高い日を伝えるのに3種類の気報予報用語があります。

最高気温が25℃以上の日を夏日、最高気温が30℃以上の日を真夏日、最高気温が35℃以上の日を猛暑日と呼びます。

最近35℃を超える日がほぼ毎日なので、猛暑日と熱中症の話を聞かない日はありません。また、ここ数年熱中症対策を呼びかけていますが、私の子供の頃は熱中症という言葉を殆ど使用することはなく、日射病という言葉をよく使用していました。日射病と熱中症の違いは何でしょう。

日射病は、直射日光に長時間当たることで発生する体温適応障害のことです。つまり炎天下の屋外で発生する症状のことを指します。大量の汗をかき脱水症状になり、体温調整の機能が低下し、頭痛、めまい、倦怠、けいれんなどの症状が起こります。

熱中症は、高温多湿の環境で発生する体調不良のことです。熱中症の種類の一つとして日射病があります。熱中症は屋外だけでなく室内でも起こります。熱中症の症状は、手足のしびれ、筋肉のけいれん、こむら返り、頭痛、吐き気、倦怠感、大量発汗などがあります。

気象庁は今年のこの暑さを「命の危険がある暑さ。一つの災害として認識している。」と発表しています。テレビやラジオでは適度な温度でエアコンを使用することを勧めています。ちなみにエアコンは立ち上がる時が一番電気を使うので、30分程度の外出ならエアコンを切らずにつけっぱなしの方が電気料金は安いそうです。エアコンの使用頻度はそれぞれ違いますが、伊藤研究室では線虫を扱っているので、1年間一定の温度を保っています。快適な温度の中勉強させてもらっているのでとても有難いです。

7月も残り数日で終わりますが、8月になると2日と6日に大進捗があります。今日はプロポーサルをする順番をみんなで決めていました。

8月はお盆休みもあるので、あっという間に過ぎてしましそうですが、この暑さはまだまだ続きます。研究をはじめすることは沢山あるので、みなさん夏バテせずに頑張りましょう！

シカゴ！！！第三弾（ISMB）

7月上旬に我が情報生物学研究室はシカゴで開催された世界のバイオインフォマティシャンが集うISMB2018に参加しました。

私は初めての国際線でとてもテンションが上がっており、機内では映画や機内食を楽しみながらアメリカまでの時間を過ごしました。

夏の日本では見られないような雪景色が飛行機の窓の外には広がっており、時差のつかれも気にならないほど感動しました。

空港からホテルまでは電車を利用しました。考えていたほどのトラブルも特になく無事にホテルにたどり着くことが出来ました。

伊丹からアメリカまでの片道約14時間ほどの長い道のりを経てシカゴに到着しました。シカゴはやはり何もかも日本とは違いました。車は右側通行だし道は広いし建物はデカいしで海外にほとんど行ったことのない私は映画やドラマの世界にいるような錯覚に陥りました。この感覚は海外あるあるなんでしょうか。

今回の学会で伊藤研のメンバーはポスター発表を行いました。シカゴTシャツを着て浮かれてるように見えるかもしれませんがしっかりと自分の研究成果を発表してきました。

英語は苦手でしたが練習の甲斐あって外国人の方ともなんとかコミュニケーションをとることが出来ました。しっかりと私の研究成果を聞いてくれて質問やコメントもいただきました。

発表を終えた帰りに現地のスーパーでお土産を買って帰ろうという話になりました。

うれしそうに去年のお土産で評判の悪かったキャンディーを研究室に買った同期がとても印象的だったので写真を上げておきます。研究室で待っている学部生のぎょっとする顔が目に浮かびます。

ISMBは生命現象を情報技術を駆使して解き明かす内容の発表が主なため、今後我々の研究に役立ちそうな様々なデータベースや手法が紹介されており非常にためになる学会でした。

美しい湖の近くのおしゃれな街で行われたこの学会は自分の中の研究意欲や知的好奇心を刺激してくれるとても有意義な学会でした。先生方、学会へ行く際のご指導、またこのような発表のチャンスを与えて下さり本当に有難うございました。

シカゴ!!（第２弾）

　今回のブログでもISMBという国際学会での発表について書いていきます．

この学会に関するブログは前回を第1弾として第5弾までを予定していて，学会に参加した学生5人がそれぞれ1回ずつ書いていきます．

　まずは，シカゴでの開催ということで，街並みに関して少し．

私も今回2回目の国際学会で，アメリカでは歩道が殆ど無く徒歩移動は難しいと思っていたのですが，シカゴは逆に歩きやすい町でした．

下に地図を載せます．

　左が今回宿泊したホテルで，右が学会に使用されたホテルです．

　こんな風に歩道も歩きやすく整備されていて，会場まで問題なく徒歩で移動できました．

　治安も意外とよく，こんな風に夜移動することもできます．ポスター発表は19時30分までやっていたので，遅くなっても大丈夫なのは良かったです．

　続いては学会についてです．

　これは学会での名札です．こんな風に自分の興味のある分野が一目でわかるようになっていました．色々な分野に携わる人が参加していたので，どんな分野に携わっているのか一目でわかれば話しかけやすいので良い工夫だと思います．

　こちらはポスター発表の会場です．前回のポスター発表の場所の奥側です．ポスター発表の場所は狭いので，こちらで議論したり，見てきた情報をまとめたりできます．日本人だと英語が苦手なので，分からなかった単語をここに移動してきてじっくり調べたりできて便利でした．

　今回の学会は生物学的な意義よりも開発したツール紹介の面が強く，私にとっては新鮮に感じました．私の研究はツール開発の側面も強いので，今後にむけて良い刺激を得ることができたと思います．ただ，会話はある程度できても数式など細かい部分を英語で話されると理解に苦しむことも多く，英語力や背景知識など地力の不足を感じる場面もありました．

　今回の国際発表も有意義なものを得られたと思います．得られた刺激は今後の私自身の研究に活かすだけでなく，後輩たちにもできる限り伝えて，目一杯有効活用していきたいと思います．（N.Y） 

シカゴ!

 アメリカのシカゴ開催された26th Intelligent System for Molecular Biology (ISMB)という国際学会に参加しました。私は今回で2回目の国際学会でしたが、英語で発表するということで準備をしっかり行い学会に参加しました。今回は、学会で得た経験やシカゴでの生活について紹介します。

(学会のパンフレット) 

　まずは、伊丹空港から飛行機に乗りました。飛行機には12時間くらい乗っていましたが、食事をしたり映画をみたりリラックスして過ごせました。

シカゴ/オヘア空港に着いてからは、電車で宿泊するホテルに行き、そこから学会会場であるHyatt Regacy Chicagoには歩いて行きました。シカゴには電車もバスも複数の路線があり複雑であることや、電車やバスの乗り方が日本とは異なることから移動には少し苦労しました。シカゴは湖に面しており、街中と湖の近くで雰囲気が異なっていました。学会の合間にシカゴを散策している時間も有意義な時間でした。

 

(シカゴの街)

(ミシガン湖沿いのシカゴ)

(学会会場となったHyatt Regacy Chicago)

　学会では、生命現象を理解するためのコンピューターを用いた数学的解析、統計的解析、ビッグデータ解析に関する様々な口頭発表やポスター発表などが行われました。英語での発表は聞き取ることが難しく理解するのに苦労しましたが、質問をすることでだいたいの内容は理解できたと思います。発表にはユーモアがあり会場からは笑いが起こっていました。日本の学会とは違った雰囲気でした。

(学会会場内)

(ポスター発表)

　その中でも特に私が興味を持った分野は、私も行っているRNA-Seq解析という生体内で機能している遺伝子を網羅的に解析する手法です。ヒトなどの多くの生物では、生体内で数万以上もの遺伝子が機能しており、それらをヒトが理解することは難しいです。そこで、数学、統計学、ビッグデータ解析といった分野を組み合わせた新しい手法を多くの人が開発して、それらを用いることで複雑な遺伝子の機能の理解を目指していました。

　アメリカにいって日本語が通じない環境で生活するのは、少し大変でしたがいい経験になりました。また、様々な研究者の発表を聞たり議論することで新しい知識に触れることで、研究に対するモチベーションが更にあがりました。今回の学会から得た知識や経験を今後の研究に活かしたいと思います。(O.Y)